“哈军工”因战而生，主要任务是为各军兵种培养维护、修理现代化技术兵器和装备的军事工程师。1953年到1960年的系和专业是按各军兵种兵器、装备建设的需要设置的。1953年“哈军工”正式成立时，全院设空军工程系、炮兵工程系、海军工程系、装甲兵工程系、工兵工程系5个系和24个专业。

1954年9月，从第二期学员入学起，海军工程系增设雷达专业。1955年9月，从第三期学员入学起，海军工程系增设舰炮指挥仪、有线电通讯、舰船内燃动力装置、舰船蒸汽动力装置、舰船电气设备5个专业，将鱼雷与水雷专业分设为鱼雷、水雷2个专业。1956年9月，从第四期学员入学起，海军工程系的造船专业分设为水上、水下2个专业，增设声纳专业。1957年9月，从第五期学员入学起，空军工程系增设导弹专业；炮兵工程系增设防原子、防化学2个专业；海军工程系增设消磁专业。1958年，空军工程系成立第七科，培养导弹、原子弹专业人才。1959年2月15日，经中央军委批准，在空军工程系七科的基础上成立导弹工程系。1960年6月，经中央军委批准成立原子化学防护系。

海军工程系学习鱼雷构造

1960年至1962年“哈军工”进行分建和改建，炮兵、装甲兵、工兵工程系和原子化学防护系迁出时共带走26个专业。“哈军工”新建系和专业，对空军、海军、导弹3个工程系的专业进行了由常规兵器专业转变为尖端兵器专业的调整，如飞机设计与制造专业、微波工程专业、电子计算机专业带有明显的学科性。1961年8月成立原子工程系和电子工程系，电子工程系基本是按学科设置的。1961年9月，第九期学员入学时，全院有新建专业35个，从老专业分出的专业14个，老专业15个，共有专业64个。

1961年后，“哈军工”的任务变为主要为国防研究机关培养国防尖端技术的研究、设计、制造人才和各军兵种所需的技术干部。1962年，根据中共中央“调整、巩固、充实、提高”的方针和中央军委批准的《国防科委关于军事工程学院的任务、规模、专业调整和精简整编问题的报告》，64个专业精简为45个，其中六年制20个，五年制25个。1965年，根据国防科委《关于国防高等院校技术干部培养规划和专业调整问题》通知精神，45个专业调整为33个，大部分专业仍然按兵器装备设置。

按军兵种设系，各系专业设置存在相似或重复的问题，如空军工程系和海军工程系都有雷达、通讯、导航方面的专业；按兵器装备设专业，学科性不强，主干学科不突出，当毕业学员需要转换工作领域或跨专业流动时困难较大。但是，按军兵种设系、按兵器装备设专业，针对性、综合性强，所设专业基本覆盖各军兵种先进武器装备的专业面，毕业学员到各军兵种工作的，专业对口、学用一致，工作“上手快”，很受部队欢迎；到国防研究部门工作的，专业知识面广，又有一定的军事素质和武器战术技术论证知识，能够根据部队的需要提出独到见解，深受好评。